Laurea magistrale in Matematica

STATO DELL’ARTE
La ditta Somalogic ha sviluppato una metodica ad elevato throughput per l’analisi di oltre 1300 proteine in campioni di siero, plasma e numerose altre matrici biologiche. La tecnologia si basa sulla capacità di aptameri (molecole di DNA a singolo filamento) di riconoscere in maniera specifica le proteine, in modo altamente preciso e riproducibile. Il saggio richiede piccoli volumi di campione (da 50 a 200 ul a seconda della matrice di partenza) e garantisce un eccezionale range dinamico nella quantificazione (da femtomolare a micromolare). Le sue applicazioni vanno dalla ricerca di base, alla diagnostica fino allo sviluppo di possibili molecole ad uso terapeutico. Dalla sua implementazione (nel 2012) sono stati analizzati più di 100.000 campioni in 43 differenti matrici e 7 diverse specie.

METODI
Il profilo proteomico del campione viene effettuato sulla piattaforma SOMAscan (SomaLogic, CO) che quantifica la presenza di più di 1300 proteine target all'interno del campione in esame. Ogni proteina viene legata in maniera specifica ad un aptamero, ossia una sequenza di DNA a singolo filamento capace di riconoscere in maniera univoca una proteina. L'espressione proteica, dopo varie procedure sperimentali di marcatura, viene rilevata mediante ibridazione su microarray. L’intensità di fluorescenza degli aptameri che si sono ibridati sui microarray viene quantificata e confrontando le fluorescenze di microarray diversi sui quali vengono ibridati campioni e controlli, si ottengono valori di espressione relativa di ciascuna proteina nei campioni rispetto ai controlli.